Para engrossar um molho, pode ser usado farinha, sim. A diferença está em qual o cereal que deu origema a essa farinha.
julgo que quando fala em "farinha" se está a referir a farinha de trigo. A Maizena (marca comercial), ou maisena no seu nome mais genérico, é o nome dado ao amido de milho (nome que se dá à farinha feita do milho).
A maisena pode substituir a farinha de trigo, deixando o molho mais delicado e gelatinoso.
No meu caso, prefiro usar maisena para engrossar molhos, mas caso não tenha maisena, uso farinha de trigo fina.
É importante usar líquido frio (àgua, leite, etc) para dissolver a maisena, pois se estiver quente faz imediatamente grumos.
Em relação a ser saudável, quem por razões de saúde não puder comer alimentos com glúten (alérgicos e intolerantes), então precisa usar amido de milho, pois a farinha de trigo tem glúten.